En cada periodo, los presidentes del CIAEM fueron las personalidades centrales que determinaron el desarrollo del CIAEM. En algunos momentos ese papel fue decisivo para configurar nuevas etapas históricas en la organización.
No obstante, los presidentes siempre contaron con el apoyo y la generosidad de muchas otras personas.
Marshall Stone, 1961-1972
Luis Santaló, 1972-1979
Ubiratan D’Ambrosio, 1979-1987
Eduardo Luna,
1987-1995
Fidel Oteiza, 1995-1999
Carlos Vasco, 1999-2003
Maria Salett Biembengut, 2003-2007
Angel Ruiz,
2007-2024